Bioinformatics Core Facility
Ziel der Bioinformatics Core Facility ist es, Wet-Lab-Forscher in unserem Institut bei der Datenanalyse ihrer Bioinformatik zu unterstützen. Unsere Einrichtung ist fest in den the Computational Systems Biochemistry eingebettet und arbeitet in engem Kontakt mit den Forschern am Max-Planck-Institut für Biochemie und biologische Intelligenz. Diese engen Verbindungen gewährleisten, dass unsere Dienstleistungen auf dem neuesten Stand der Technik bleiben, nicht nur, indem sie mit den neuesten Entwicklungen auf diesem Gebiet Schritt halten, sondern auch bioinformatische Unterstützung anbieten, die über die öffentlich zugänglichen Analysemethoden hinausgeht.
Our Bioinformatics core facility has several tasks to help the researchers at the Max-Planck Institute of Biochemistry and Neurobiology:
- Preliminary discussion about experimental design together with other core facilities, such as sequencing facility. This crucial step assures to obtain high quality results from your projects.
- Consultation for the bioinformatics methods, available computational tools and statistical data analysis
- Preparation of data sets to submit in public repositories, such as PRIDE, GEO or SRA, as requested by many journals upon manuscript submission
- Provide bioinformatics trainings
Some selected topics from our bioinformatics core facility:
Genomics
Next-Generation sequencing (NGS) data analysis
Comparative genomics
Combining chromatin immunoprecipitation assays with sequencing (ChIP-seq)
Whole genome sequencing (WGS)
Metabolomics
Proteomics
Shot-gun proteomics analysis (both identification and quantification)
De novo sequencing
Chemical crosslinking combined with mass spectrometry
Proteogenomics
Protein-protein interactions
Ion-mobility mass spectrometry data analysis
Multiple sequence alignment
Alternative splicing
Protein functional annotation and prediction
Pathway enrichment analysis
Phylogenetic analysis
Motif search
Sequence similarities (BLAST)
Transcriptomics
Single cell transcriptomics
RNA-seq for mRNA, or long non-coding RNA
tRNA-Seq
Ribosome profiling
RNAi screening
Single guide RNA for CRISPR
Multi-omics
Wir organisieren einen eintägigen Workshop über computergestützte Massenspektrometrie-basierte Proteomik, der ein praktisches Training über den Betrieb von MaxQuant und Persesus beinhaltet. Die weiteren Einzelheiten werden hier veröffentlicht.
Hier finden Sie einige Links zu verschiedenen nützlichen Links zum Thema Bioinformatik und Programmierung.
| Protein structure visualization, prediction & analysis | PyMol, UCSF-Chimera, HADDOCK, I-TASSER |
| Genomics | |
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Programming tutorials |
learn programming: R, R studio python and documentation for python 2.7, python 3.7.1and jupyter Johns Hopkins Data Science Lab: courses, books programming exercises: coding-bat for python or coding-bat for java |
| Annual MaxQuant summer school | the largest workshop in computational proteomics, details and how to register here |
| Proteomics analysis | MaxQuant, Perseus |
| Databases | GEO, DAVID, HumanProteinAtlas Uniprot, Ensembl |
| Public repositories | PRIDE, ProteomeXchange Consortium |
| Statistics | Bioconductor, Perseus |