Bioinformatics Core Facility

Bioinformatics Core Facility

Tyanova et. al, Nat Methods, 2016

Ziel der Bioinformatics Core Facility ist es, Wet-Lab-Forscher in unserem Institut bei der Datenanalyse ihrer Bioinformatik zu unterstützen. Unsere Einrichtung ist fest in den the Computational Systems Biochemistry eingebettet und arbeitet in engem Kontakt mit den Forschern am Max-Planck-Institut für Biochemie und Neurobiologie. Diese engen Verbindungen gewährleisten, dass unsere Dienstleistungen auf dem neuesten Stand der Technik bleiben, nicht nur, indem sie mit den neuesten Entwicklungen auf diesem Gebiet Schritt halten, sondern auch bioinformatische Unterstützung anbieten, die über die öffentlich zugänglichen Analysemethoden hinausgeht.







Wie erreichen Sie uns?




Services

Our Bioinformatics core facility has several tasks to help the researchers at the Max-Planck Institute of Biochemistry and Neurobiology:

  • Preliminary discussion about experimental design together with other core facilities, such as sequencing facility. This crucial step assures to obtain high quality results from your projects.
  • Consultation for the bioinformatics methods, available computational tools and statistical data analysis
  • Preparation of data sets to submit in public repositories, such as PRIDE, GEO or SRA, as requested by many journals upon manuscript submission
  • Provide bioinformatics trainings

Some selected topics from our bioinformatics core facility:

Genomics
Next-Generation sequencing (NGS) data analysis
Comparative genomics
Combining chromatin immunoprecipitation assays with sequencing (ChIP-seq)
Whole genome sequencing (WGS)

Metabolomics

Proteomics

Shot-gun proteomics analysis (both identification and quantification)
De novo sequencing
Chemical crosslinking combined with mass spectrometry
Proteogenomics
Protein-protein interactions
Ion-mobility mass spectrometry data analysis
Multiple sequence alignment
Alternative splicing
Protein functional annotation and prediction
Pathway enrichment analysis

Phylogenetic analysis
Motif search
Sequence similarities (BLAST)

Transcriptomics

Single cell transcriptomics
RNA-seq for mRNA, or long non-coding RNA
tRNA-Seq
Ribosome profiling
RNAi screening
Single guide RNA for CRISPR

Multi-omics

 





Kurse

Wir organisieren einen eintägigen Workshop über computergestützte Massenspektrometrie-basierte Proteomik, der ein praktisches Training über den Betrieb von MaxQuant und Persesus beinhaltet. Die weiteren Einzelheiten werden hier veröffentlicht.



Hilfreiche Links

Hier finden Sie einige Links zu verschiedenen nützlichen Links zum Thema Bioinformatik und Programmierung.

Protein structure visualization, prediction & analysis PyMol, UCSF-Chimera, HADDOCK, I-TASSER
Genomics

lENCODE, UCSC genome browser

Programming tutorials

learn programming: R, R studio python and documentation for python 2.7, python 3.7.1and jupyter

Johns Hopkins Data Science Lab: courses, books

programming exercises: coding-bat for python or coding-bat for java

Annual MaxQuant summer school the largest workshop in computational proteomics, details and how to register here
Proteomics analysis MaxQuant, Perseus
Databases GEO, DAVID, HumanProteinAtlas Uniprot, Ensembl
Public repositories PRIDE, ProteomeXchange Consortium
Statistics Bioconductor, Perseus

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