Publications of Matthias Mann

Kardell, O.; von Toerne, C.; Merl-Pham, J.; Koenig, A.-C.; Blindert, M.; Barth, T. K.; Mergner, J.; Ludwig, C.; Tueshaus, J.; Eckert, S. et al.; Mueller, S. A.; Breimann, S.; Giesbertz, P.; Bernhardt, A. M.; Schweizer, L.; Albrecht, V.; Teupser, D.; Imhof, A.; Kuster, B.; Lichtenthaler, S. F.; Mann, M.; Cox, J.; Hauck, S. M.: Multicenter Collaborative Study to Optimize Mass Spectrometry Workflows of Clinical Specimens. Journal of Proteome Research 23 (1), pp. 117 - 129 (2024)

Hansen, F. M.; Kremer, L. S.; Karayel, O.; Bludau, I.; Larsson, N.-G.; Kühl, I.; Mann, M.: Mitochondrial phosphoproteomes are functionally specialized across tissues. Life Science Alliance 7, e202302147 (2024)

Thiele, M.; Villesen, I. F.; Niu, L. L.; Johansen, S.; Sulek, K.; Nishijima, S.; Espen, L. V.; Keller, M.; Israelsen, M.; Suvitaival, T. et al.; Zawadzki, A. d.; Juel, H. B.; Brol, M. J.; Stinson, S. E.; Huang, Y.; Silva, M. C. A.; Kuhn, M.; Anastasiadou, E.; Leeming, D. J.; Karsdal, M.; Matthijnssens, J.; Arumugam, M.; Dalgaard, L. T.; Legido-Quigley, C.; Mann, M.; Trebicka, J.; Bork, P.; Jensen, L. J.; Hansen, T.; Krag, A.; Hansen, T.; Mann, M.; Matthijnssens, J.; Krag, A.; Krag, A.; Bork, P.; Hansen, T.; Arumugam, M.; Trebicka, J.; Karsdal, M.; Anastasiadou, E.; Israelsen, H.; Melberg, H. O.; Legido-Quigley, C.; Thiele, M.: Opportunities and barriers in omics-based biomarker discovery for steatotic liver diseases. Journal of Hepatology 81, pp. 345 - 359 (2024)

Wahle, M.; Thielert, M.; Zwiebel, M.; Skowronek, P.; Zeng, W.-F.; Mann, M.: IMBAS-MS discovers organ-specific HLA peptide patterns in plasma. Molecular & Cellular Proteomics 23 (1), 100689 (2024)

Michaelis, A. C.; Brunner, A.-D.; Zwiebel, M.; Meier, F.; Strauss, M. T.; Bludau, I.; Mann, M.: The social and structural architecture of the yeast protein interactome. Nature 624 (7990), pp. 192 - 200 (2023)

Tubío-Santamaría, N.; Jayavelu, A. K.; Schnoeder, T. M.; Eifert, T.; Hsu, C.-J.; Perner, F.; Zhang, Q.; Wenge, D. V.; Hansen, F. M.; Kirkpatrick, J. M. et al.; Jyotsana, N.; Lane, S. W.; von Eyss, B.; Deshpande, A. J.; Kühn, M. W. M.; Schwaller, J.; Cammann, C.; Seifert, U.; Ebstein, F.; Krüger, E.; Hochhaus, A.; Heuser, M.; Ori, A.; Mann, M.; Armstrong, S. A.; Heidel, F. H.: Immunoproteasome function maintains oncogenic gene expression in KMT2A-complex driven leukemia. Molecular Cancer 22, 196 (2023)

Henneberg, L. T.; Singh, J.; Duda, D. M.; Baek, K.; Yanishevski, D.; Murray, P. J.; Mann, M.; Sidhu, S. S.; Schulman, B. A.: Activity-based profiling of cullin-RING E3 networks by conformation-specific probes. Nature Chemical Biology 19, pp. 1513 - 1523 (2023)

Schmidt, S.; Stautner, C.; Tung Vu, D.; Heinz, A.; Regensburger, M.; Karayel, O.; Truembach, D.; Artati, A.; Kaltenhaeuser, S.; Nassef, M. Z. et al.; Hembach, S.; Steinert, L.; Winner, B.; Juergen, W.; Jastroch, M.; Luecken, M. D.; Theis, F. J.; Westmeyer, G. G.; Adamski, J.; Mann, M.; Hiller, K.; Giesert, F.; Weisenhorn, D. M. V.; Wurst, W.: A reversible state of hypometabolism in a human cellular model of sporadic Parkinson's disease. Nature Communications 14 (1), 7674 (2023)

Leuschner, G.; Semenova, A.; Mayr, C. H.; Kapellos, T. S.; Ansari, M.; Seeliger, B.; Frankenberger, M.; Kneidinger, N.; Hatz, R. A.; Hilgendorff, A. et al.; Prasse, A.; Behr, J.; Mann, M.; Schiller, H. B.: Mass spectrometry-based autoimmune profiling reveals predictive autoantigens in idiopathic pulmonary fibrosis. iScience 26 (11), 108345 (2023)

Kessler, T.; Sager, H. B.; Mann, M.: Role of the extracellular matrix in cell-cell communication: A new therapeutic target? European Heart Journal 44 (37), pp. 3495 - 3497 (2023)

Nordmann, T. M.; Schweizer, L.; Metousis, A.; Thielert, M.; Rodriguez, E.; Rahbek-Gjerdrum, L. M.; Stadler, P. C.; Bzorek, M.; Mund, A.; Rosenberger, F. A. et al.; Mann, M.: A Standardized and Reproducible Workflow for Membrane Glass Slides in Routine Histology and Spatial Proteomics. Molecular & Cellular Proteomics 22 (10), 100643 (2023)

Rosenberger, F. A.; Thielert, M.; Strauss, M. T.; Schweizer, L.; Ammar, C.; Mädler, S. C.; Metousis, A.; Skowronek, P.; Wahle, M.; Madden, K. et al.; Gote-Schniering, J.; Semenova, A.; Schiller, H. B.; Rodriguez, E.; Nordmann, T. M.; Mund, A.; Mann, M.: Spatial single-cell mass spectrometry defines zonation of the hepatocyte proteome. Nature Methods 20 (10), pp. 1530 - 1536 (2023)

Sharifi, M. A.; Wierer, M.; Dang, T. A.; Milic, J.; Moggio, A.; Sachs, N.; von Scheidt, M.; Hinterdobler, J.; Mueller, P.; Werner, J. et al.; Stiller, B.; Aherrahrou, Z.; Erdmann, J.; Zaliani, A.; Graettinger, M.; Reinshagen, J.; Gul, S.; Gribbon, P.; Maegdefessel, L.; Bernhagen, J.; Sager, H. B.; Mann, M.; Schunkert, H.; Kessler, T.: ADAMTS-7 Modulates Atherosclerotic Plaque Formation by Degradation of TIMP-1. Circulation Research 133 (8), pp. 674 - 686 (2023)

Wuyts, S.; Alves, R.; Zimmermann-Kogadeeva, M.; Nishijima, S.; Blasche, S.; Driessen, M.; Geyer, P. E.; Hercog, R.; Kartal, E.; Maier, L. et al.; Müller, J. B.; Santamarina, S. G.; Schmidt, T. S. B.; Sevin, D. C.; Telzerow, A.; Treit, P. V.; Wenzel, T.; Typas, A.; Patil, K. R.; Mann, M.; Kuhn, M.; Bork, P.: Consistency across multi-omics layers in a drug-perturbed gut microbial community. Molecular Systems Biology 19 (9), e11525 (2023)

Tretter, C.; Kraetzig, N. d. A.; Pecoraro, M.; Lange, S.; Seifert, P.; von Frankenberg, C.; Untch, J.; Zuleger, G.; Wilhelm, M.; Zolg, D. P. P. et al.; Dreyer, F. S. S.; Braeunlein, E.; Engleitner, T.; Uhrig, S.; Boxberg, M.; Steiger, K.; Slotta-Huspenina, J.; Ochsenreither, S.; von Bubnoff, N.; Bauer, S.; Boerries, M.; Jost, P. J. J.; Schenck, K.; Dresing, I.; Bassermann, F.; Friess, H.; Reim, D.; Gruetzmann, K.; Pfuetze, K.; Klink, B.; Schroeck, E.; Haller, B.; Kuster, B.; Mann, M.; Weichert, W.; Froehling, S.; Rad, R.; Hiltensperger, M.; Krackhardt, A. M. M.: Proteogenomic analysis reveals RNA as a source for tumor-agnostic neoantigen identification. Nature Communications 14 (1), 4632 (2023)

Polychronidou, M.; Hou, J.; Babu, M. M.; Liberali, P.; Amit, I.; Deplancke, B.; Lahav, G.; Itzkovitz, S.; Mann, M.; Saez-Rodriguez, J. et al.; Theis, F.; Eils, R.: Single-cell biology: What does the future hold? Molecular Systems Biology 19 (7), e11799 (2023)

Bahrami, E.; Schmid, J. P.; Jurinovic, V.; Becker, M.; Wirth, A.-K.; Ludwig, R.; Kreissig, S.; Duque Angel, T. V.; Amend, D.; Hunt, K. et al.; Oellinger, R.; Rad, R.; Frenz, J. M.; Solovey, M.; Ziemann, F.; Mann, M.; Vick, B.; Wichmann, C.; Herold, T.; Jayavelu, A. K.; Jeremias, I.: Combined proteomics and CRISPR-Cas9 screens in PDX identify ADAM10 as essential for leukemia in vivo. Molecular Cancer 22 (1), 107 (2023)

Ammar, C.; Schessner, J. P.; Willems, S.; Michaelis, A. C.; Mann, M.: Accurate Label-Free Quantification by directLFQ to Compare Unlimited Numbers of Proteomes. Molecular & Cellular Proteomics 22 (7), 100581 (2023)

Bader, J. M.; Albrecht, V.; Mann, M.: MS-Based Proteomics of Body Fluids: The End of the Beginning. Molecular & Cellular Proteomics 22 (7), 100577 (2023)

Lobentanzer, S.; Aloy, P.; Baumbach, J.; Bohar, B.; Carey, V. J.; Charoentong, P.; Danhauser, K.; Dogan, T.; Dreo, J.; Dunham, I. et al.; Farr, E.; Fernandez-Torras, A.; Gyori, B. M.; Hartung, M.; Hoyt, C. T.; Klein, C.; Korcsmaros, T.; Maier, A.; Mann, M.; Ochoa, D.; Pareja-Lorente, E.; Popp, F.; Preusse, M.; Probul, N.; Schwikowski, B.; Sen, B.; Strauss, M. T.; Turei, D.; Ulusoy, E.; Waltemath, D.; Wodke, J. A. H.; Saez-Rodriguez, J.: Democratizing knowledge representation with BioCypher. Nature Biotechnology 41, pp. 1056 - 1059 (2023)