Publications of Matthias Mann

Zheng, X.; Mund, A.; Mann, M.: Protocol for spatial proteomic profiling of tonsil cancer microenvironments using multiplexed imaging-powered deep visual proteomics. STAR Protocols 6 (3), 103901 (2025)

Pesch, G.; Piseddu, I.; Gaertig, J.; Kramer, N.; Kramer, R.; Schulz, T. U.; Zwiebel, M.; Ledderose, S.; Retzlaff, J.; Eckstein, M. et al.; Schett, G.; Kammerbauer, C.; Schmitt, C.; Kumbrink, J.; Erdmann, M.; Kruis, W.; Dougan, M.; Mayerle, J.; French, L. E.; Vera, J.; Nordmann, T. M.; Mann, M.; Klauschen, F.; Anz, D.; Heinzerling, L.: Deep immune phenotyping reveals distinct immunopathogenesis in checkpoint inhibitor-induced colitis compared to ulcerative colitis. Cancer Immunology Research 13 (7), pp. 1053 - 1069 (2025)

Rosenberger, F. A.; Mädler, S. C.; Thorhauge, K. H.; Steigerwald, S.; Fromme, M.; Lebedev, M.; Weiss, C. A. M.; Oeller, M.; Wahle, M.; Metousis, A. et al.; Zwiebel, M.; Schmacke, N. A.; Detlefsen, S.; Boor, P.; Fabian, O.; Frankova, S.; Krag, A.; Strnad, P.; Mann, M.: Deep Visual Proteomics maps proteotoxicity in a genetic liver disease. Nature 642 (8067), pp. 484 - 491 (2025)

Bone, R. A.; Lowndes, M. P.; Raineri, S.; Riveiro, A.; Lundregan, S. L.; Dall, M.; Sulek, K.; Romero, J. A. H.; Malzard, L.; Koigi, S. et al.; Heckenbach, I. J.; Solis-Mezarino, V.; Voelker-Albert, M.; Vasilopoulou, C.; Meier, F.; Trusina, A.; Mann, M.; Nielsen, M.; Treebak, J. T.; Brickman, J. M.: Altering metabolism programs cell identity via NAD+-dependent deacetylation. The EMBO Journal 44 (11), pp. 3056 - 3084 (2025)

Coscia, F.; Nielsen, A. B.; Weigert, M.; Watters, K.; Javellana, M.; Anglesio, M.; Yamada, S. D.; Lastra, R. R.; Mann, M.; Lengyel, E.: A Proteogenomic View of Synchronous Endometrioid Endometrial and Ovarian Cancer. Clinical Cancer Research 31 (11), pp. 2230 - 2240 (2025)

Skowronek, P.; Wallmann, G.; Wahle, M.; Willems, S.; Mann, M.: An accessible workflow for high-sensitivity proteomics using parallel accumulation–serial fragmentation (PASEF). Nature Protocols 20, pp. 1700 - 1729 (2025)

Becker, M.; Kälin, S.; Neubig, A. H.; Lauber, M.; Opaleva, D.; Hipp, H.; Salb, V. K.; Ott, V. B.; Legutko, B.; Kälin, R. E. et al.; Hippich, M.; Scherm, M. G.; Nascimento, L. F. R.; Serr, I.; Hosp, F.; Nikolaev, A.; Mohebiany, A.; Krueger, M.; Flachmeyer, B.; Pfaffl, M. W.; Haase, B.; Yi, C. X.; Dietzen, S.; Bopp, T.; Woods, S. C.; Waisman, A.; Weigmann, B.; Mann, M.; Tschöp, M. H.; Daniel, C.: Regulatory T cells in the mouse hypothalamus control immune activation and ameliorate metabolic impairments in high-calorie environments. Nature Communications 16, 2744 (2025)

Zheng, X.; Mund, A.; Mann, M.: Deciphering functional tumor-immune crosstalk through highly multiplexed imaging and deep visual proteomics. Molecular Cell 85 (5), pp. 1008 - 1023 (2025)

Niu, L. L.; Stinson, S. E.; Holm, L. A.; Lund, M. A. V.; Fonvig, C. E.; Cobuccio, L.; Meisner, J.; Juel, H. B.; Fadista, J.; Thiele, M. et al.; Krag, A.; Holm, J.-C.; Rasmussen, S.; Hansen, T.; Mann, M.: Plasma proteome variation and its genetic determinants in children and adolescents. Nature Genetics 57 (3), pp. 635 - 646 (2025)

Guo, T.; Steen, J. A.; Mann, M.: Mass-spectrometry-based proteomics: from single cells to clinical applications. Nature 638 (8052), pp. 901 - 911 (2025)

Muhar, M. F.; Farnung, J.; Cernakova, M.; Hofmann, R.; Henneberg, L. T.; Pfleiderer, M. M.; Denoth-Lippuner, A.; Kalčic, F.; Nievergelt, A. S.; Peters Al-Bayati, M. et al.; Sidiropoulos, N. D.; Beier, V.; Mann, M.; Jessberger, S.; Jinek, M.; Schulman, B.; Bode, J. W.; Corn, J. E.: C-terminal amides mark proteins for degradation via SCF–FBXO31. Nature 638, pp. 519 - 527 (2025)

Kabatnik, S.; Zheng, X.; Pappas, G.; Steigerwald, S.; Padula, M. P.; Mann, M.: Deep visual proteomics reveals DNA replication stress as a hallmark of signet ring cell carcinoma. npi Precision Oncology 9 (1), 37 (2025)

Egea-Rodriguez, S.; Varaljai, R.; Nordmann, T. M.; Lubis, R.; Philip, M.; Rambow, F.; Roesch, A.; Flaig, M.; Horn, S.; Stoll, R. et al.; Zhao, F.; Paschen, A.; Klebl, B.; Hickson, I. D.; Schadendorf, D.; Mann, M.; Helfrich, I.: RECQL4 affects MHC class II-mediated signalling and favours an immune-evasive signature that limits response to immune checkpoint inhibitor therapy in patients with malignant melanoma. Clinical and Translational Medicine 15 (1), e70094 (2025)

Itang, E. C. M.; Albrecht, V.; Schebesta, A.-S.; Thielert, M.; Lanz, A.-L.; Danhauser, K.; Jin, J.; Prell, T.; Strobel, S.; Klein, C. et al.; Mann, M.; Pangratz-Fuehrer, S.; Mueller-Reif, J. B.: Ontology-guided clustering enables proteomic analysis of rare pediatric disorders. Embo Molecular Medicine (2025)

Schweizer, L.; Kenny, H. A.; Krishnan, R.; Kelliher, L.; Bilecz, A. J.; Heide, J.; Donle, L.; Shimizu, A.; Metousis, A.; Mendoza, R. et al.; Nordmann, T. M.; Rauch, S.; Richter, S.; Li, Y.; Rosenberger, F. A.; Strauss, M. T.; Kurnit, K. C.; Thielert, M.; Rodriguez, E.; Müller-Reif, J. B.; Yamada, S. D.; Theis, F. J.; Mund, A.; Lastra, R. R.; Mann, M.; Lengyel, E.: Spatial proteo-transcriptomic profiling reveals the molecular landscape of borderline ovarian tumors and their invasive progression. Cancer Cell 43 (2025)

El Fissi, N.; Rosenberger, F. A.; Chang, K.; Wilhalm, A.; Barton-Owen, T.; Hansen, F. M.; Golder, Z.; Alsina, D.; Wedell, A.; Mann, M. et al.; Chinnery, P. F.; Freyer, C.; Wredenberg, A.: Preventing excessive autophagy protects from the pathology of mtDNA mutations in Drosophila melanogaster. Nature Communications 15 (1), 10719 (2024)

He, F.; Aebersold, R.; Baker, M. S.; Bian, X.; Bo, X.; Chan, D. W.; Chang, C.; Chen, L.; Chen, X.; Chen, Y.-J. et al.; Cheng, H.; Collins, B. C.; Corrales, F.; Cox, J.; E, W.; Van Eyk, J. E.; Fan, J.; Faridi, P.; Figeys, D.; Gao, G. F.; Gao, W.; Gao, Z.-H.; Goda, K.; Goh, W. W. B.; Gu, D.; Guo, C.; Guo, T.; He, Y.; Heck, A. J. R.; Hermjakob, H.; Hunter, T.; Iyer, N. G.; Jiang, Y.; Jimenez, C. R.; Joshi, L.; Kelleher, N. L.; Li, M.; Li, Y.; Lin, Q.; Liu, C. H.; Liu, F.; Liu, G.-H.; Liu, Y.; Liu, Z.; Low, T. Y.; Lu, B.; Mann, M.; Meng, A.; Moritz, R. L.; Nice, E.; Ning, G.; Omenn, G. S.; Overall, C. M.; Palmisano, G.; Peng, Y.; Pineau, C.; Poon, T. C. W.; Purcell, A. W.; Qiao, J.; Reddel, R. R.; Robinson, P. J.; Roncada, P.; Sander, C.; Sha, J.; Song, E.; Srivastava, S.; Sun, A.; Sze, S. K.; Tang, C.; Tang, L.; Tian, R.; Vizcaíno, J. A.; Wang, C.; Wang, C.; Wang, X.; Wang, X.; Wang, Y.; Weiss, T.; Wilhelm, M.; Winkler, R.; Wollscheid, B.; Wong, L.; Xie, L.; Xie, W.; Xu, T.; Xu, T.; Yan, L.; Yang, J.; Yang, X.; Yates, J.; Yun, T.; Zhai, Q.; Zhang, B.; Zhang, H.; Zhang, L.; Zhang, L.; Zhang, P.; Zhang, Y.; Zheng, Y. Z.; Zhong, Q.; Zhu, Y.; Chan, D. W.; Tan, C. S. H.; E, W.; Van Eyk, J. E.; Gao, M.; Gao, Q.; Gao, Y.; Guo, X.; He, J.; He, J.; He, Q.-Y.; Hou, J.; Huang, C.; Jia, C.; Kuster, B.; Li, C.; Li, D.; Li, Y.; Li, Y.; Liu, S.; Liu, X.; Liu, Y.; Liu, Z.; Lu, H.; Nie, Y.; Okada, M.; Qian, G.; Qin, H.; Rao, Y.; Rao, Z.; Ren, X.; Ren, Y.; Shen, F.; Shen, L.; Su, S.; Tan, M.; Tang, B. Z.; Tao, S.-C.; Wang, J.; Wang, T.; Wei, L.; Wong, C. C. L.; Xie, X. S.; Xu, L.; Xu, P.; Xu, T.; Yang, H.; Yang, J.; Ye, M.; Ying, W.; Yu, X.; Yuan, Y.; Zeng, Q.; Zhan, Q.; Zhang, X.; Zhang, X.; Zhang, Y.; Zhong, N.-S.; Zhou, F.; Zhu, Y.; Zhang, Z.: π-HuB: The proteomic navigator of the human body. Nature 636 (8402), pp. 322 - 331 (2024)

Nordmann, T. M.; Mund, A.; Mann, M.: A new understanding of tissue biology from MS-based proteomics at single-cell resolution. Nature Methods 21 (12), pp. 2220 - 2222 (2024)

Albrecht, V.; Müller-Reif, J. B.; Nordmann, T. M.; Mund, A.; Schweizer, L.; Geyer, P. E.; Niu, L.; Wang, J.; Post, F.; Oeller, M. et al.; Metousis, A.; Nielsen, A. B.; Steger, M.; Albrechtsen, N. J. W.; Mann, M.: Bridging the Gap From Proteomics Technology to Clinical Application: Highlights From the 68th Benzon Foundation Symposium. Molecular & Cellular Proteomics 23 (12), 100877 (2024)

Cankar, N.; Beschorner, N.; Tsopanidou, A.; Qvist, F. L.; Andersen, M.; Kjaerby, C.; Delle, C.; Lambert, M.; Mundt, F.; Weikop, P. et al.; Jucker, M.; Mann, M.; Colac, A. R.; Skotte, N. H.; Nedergaard, M.: Sleep deprivation leads to non-adaptive alterations in sleep microarchitecture and amyloid-b accumulation in a murine Alzheimer model. Cell Reports 43 (11), 114977 (2024)