Publications of Lukas F. Milles

Bauer, M. S.; Gruber, S.; Hausch, A.; Melo, M. C. R.; Gomes, P. S. F. C.; Nicolaus, T.; Milles, L. F.; Gaub, H. E.; Bernardi, R. C.; Lipfert, J.: Single-molecule force stability of the SARS-CoV-2–ACE2 interface in variants-of-concern. Nature Nanotechnology 19 (3), pp. 399 - 405 (2024)

Sumida, K. H.; Núñez-Franco, R.; Kalvet, I.; Pellock, S. J.; Wicky, B. I. M.; Milles, L. F.; Dauparas, J.; Wang, J.; Kipnis, Y.; Jameson, N. et al.; Kang, A.; De La Cruz, J.; Sankaran, B.; Bera, A. K.; Jiménez-Osés, G.; Baker, D.: Improving Protein Expression, Stability, and Function with ProteinMPNN. Journal of the American Chemical Society 146 (3), pp. 2054 - 2061 (2024)

Kim, D. E.; Jensen, D. R.; Feldman, D.; Tischer, D.; Saleem, A.; Chow, C. M.; Li, X.; Carter, L.; Milles, L.; Nguyen, H. et al.; Kang, A.; Bera, A. K.; Peterson, F. C.; Volkman, B. F.; Ovchinnikov, S.; Baker, D.: De novo design of small beta barrel proteins. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 120 (11), e2207974120 (2023)

An, L.; Hicks, D. R.; Zorine, D.; Dauparas, J.; Wicky, B. I. M.; Milles, L. F.; Courbet, A.; Bera, A. K.; Nguyen, H.; Kang, A. et al.; Carter, L.; Baker, D.: Hallucination of closed repeat proteins containing central pockets. Nature Structural & Molecular Biology 30 (11), pp. 1755 - 1760 (2023)

Doyle, L. A.; Takushi, B.; Kibler, R. D.; Milles, L. F.; Orozco, C. T.; Jones, J. D.; Jackson, S. E.; Stoddard, B. L.; Bradley, P.: De novo design of knotted tandem repeat proteins. Nature Communications 14 (1), 6746 (2023)

Watson, J. L.; Juergens, D.; Bennett, N. R.; Trippe, B. L.; Yim, J.; Eisenach, H. E.; Ahern, W.; Borst, A. J.; Ragotte, R. J.; Milles, L. F. et al.; Wicky, B. I. M.; Hanikel, N.; Pellock, S. J.; Courbet, A.; Sheffler, W.; Wang, J.; Venkatesh, P.; Sappington, I.; Torres, S. V.; Lauko, A.; De Bortoli, V.; Mathieu, E.; Ovchinnikov, S.; Barzilay, R.; Jaakkola, T. S.; DiMaio, F.; Baek, M.; Baker, D.: De novo design of protein structure and function with RFdiffusion. Nature 620 (7976), pp. 1089 - 1100 (2023)

Bauer, M. S.; Gruber, S.; Hausch, A.; Gomes, P. S. F. C.; Milles, L. F.; Nicolaus, T.; Schendel, L. C.; Navajas, P. L.; Procko, E.; Lietha, D. et al.; Melo, M. C. R.; Bernardi, R. C.; Gaub, H. E.; Lipfert, J.: A tethered ligand assay to probe SARS-CoV-2:ACE2 interactions. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 119 (14), e2114397119 (2022)

Dauparas, J.; Anishchenko, I.; Bennett, N.; Bai, H.; Ragotte, R. J.; Milles, L. F.; Wicky, B. I. M.; Courbet, A.; de Haas; J., R. et al.; Bethel, N.; Leung, P. J. Y.; Huddy, T. F.; Pellock, S.; Tischer, D.; Chan, F.; Koepnick, B.; Nguyen, H.; Kang, A.; Sankaran, B.; Bera, A. K.; King, N. P.; Baker, D.: Robust deep learning–based protein sequence design using ProteinMPNN. Science 378 (6615), pp. 49 - 56 (2022)

Wang, J.; Lisanza, S.; Juergens, D.; Tischer, D.; Watson, J. L.; Castro, K. M.; Ragotte, R.; Saragovi, A.; Milles, L. F.; Baek, M. et al.; Anishchenko, I.; Yang, W.; Hicks, D. R.; Expòsit, M.; Schlichthaerle, T.; Chun, J.-H.; Dauparas, J.; Bennett, N.; Wicky, B. I. M.; Muenks, A.; DiMaio, F.; Correia, B.; Ovchinnikov, S.; Baker, D.: Scaffolding protein functional sites using deep learning. Science 377 (6604), pp. 387 - 394 (2022)

Wicky, B. I. M.; Milles, L. F.; Courbet, A.; Ragotte, R. J.; Dauparas, J.; Kinfu, E.; Tipps, S.; Kibler, R. D.; Baek, M.; DiMaio, F. et al.; Li, X.; Carter, L.; Kang, A.; Nguyen, H.; Bera, A. K.; Baker, D.: Hallucinating symmetric protein assemblies. Science 378 (6615), pp. 56 - 61 (2022)

Kluger, C.; Braun, L.; Sedlak, S. M.; Pippig, D. A.; Bauer, M. S.; Miller, K.; Milles, L. F.; Gaub, H. E.; Vogel, V.: Different Vinculin binding sites use the same mechanism to regulate directional force transduction. Biophysical Journal 118 (6), pp. 1344 - 1356 (2020)

Milles, L. F.; Gaub, H. E.: Extreme mechanical stability in protein complexes. Current Opinion in Structural Biology 60, pp. 124 - 130 (2020)

Bauer, M. S.; Baumann, F.; Daday, C.; Redondo, P.; Durner, E.; Jobst, M. A.; Milles, L. F.; Mercadante, D.; Pippig, D. A.; Gaub, H. E. et al.; Gräter, F.; Lietha, D.: Structural and mechanistic insights into mechanoactivation of focal adhesion kinase. Proceedings of the National Academy of Sciences 116 (14), pp. 6766 - 6774 (2019)

Erlich, K. R.; Sedlak, S. M.; Jobst, M. A.; Milles, L. F.; Gaub, H. E.: DNA-free directed assembly in single-molecule cut-and-paste. Nanoscale 11, pp. 407 - 411 (2019)

Vanderlinden, W.; Brouns, T.; Walker, P. U.; Kolbeck, P. J.; Milles, L. F.; Ott, W.; Nickels, P. C.; Debyser, Z.; Lipfert, J.: The free energy landscape of retroviral integration. Nature Communications 10, 4738 (2019)

Milles, L. F.; Schulten, K.; Gaub, H. E.; Bernardi, R. C.: Molecular mechanism of extreme mechanostability in a pathogen adhesin. Science 359 (6383), pp. 1527 - 1533 (2018)

Milles, L. F.; Unterauer, E. M.; Nicolaus, T.; Gaub, H. E.: Calcium stabilizes the strongest protein fold. Nature Communications 9, 4764 (2018)

Brand, U.; Gao, S.; Engl, W.; Sulzbach, T.; Stahl, S. W.; Milles, L. F.; Nesterov, V.; Li, Z.: Comparing AFM cantilever stiffness measured using the thermal vibration and the improved thermal vibration methods with that of an SI traceable method based on MEMS. Measurement Science and Technology 28 (3), 034010 (2017)

Ott, W.; Jobst, M. A.; Bauer, M. S.; Durner, E.; Milles, L. F.; Nash, M. A.; Gaub, H. E.: Elastin-like Polypeptide Linkers for Single-Molecule Force Spectroscopy. ACS Nano 11 (6), pp. 6346 - 6354 (2017)

Sedlak, S. M.; Bauer, M. S.; Kluger, C.; Schendel, L. C.; Milles, L. F.; Pippig, D. A.; Gaub, H. E.: Monodisperse measurement of the biotin-streptavidin interaction strength in a well-defined pulling geometry. PLoS ONE 12 (2), e0188722 (2017)